The Extent of mRNA Editing Is Limited in Chicken Liver and Adipose, but Impacted by Tissular Context, Genotype, Age, and Feeding as Exemplified with a Conserved Edited Site in COG3
View ORCID ProfilePierre-François Roux, Laure Frésard, Morgane Boutin, View ORCID ProfileSophie Leroux, Christophe Klopp, Anis Djari, Diane Esquerré, Pascal GP Martin, Tatiana Zerjal, David Gourichon, Frédérique Pitel and Sandrine Lagarrigue
G3: Genes, Genomes, Genetics February 1, 2016 vol. 6 no. 2 321-335; https://doi.org/10.1534/g3.115.022251
Open Access
Pierre-François Roux
*Agrocampus Ouest, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
†Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
Laure Frésard
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
Morgane Boutin
*Agrocampus Ouest, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
†Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
Sophie Leroux
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
Christophe Klopp
††Institut National de la Recherche Agronomique, Sigenae Unité de Recherche 875 Biométrie et Intelligence Artificielle, F-31326 Castanet-Tolosan, France
Anis Djari
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
††Institut National de la Recherche Agronomique, Sigenae Unité de Recherche 875 Biométrie et Intelligence Artificielle, F-31326 Castanet-Tolosan, France
Diane Esquerré
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
‡‡Institut National de la Recherche Agronomique, GeT-PlaGe Genotoul, F-31326 Castanet-Tolosan, France
Pascal GP Martin
§§Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1331 Research Center in Food Toxicology, F-31027 Toulouse, France
Tatiana Zerjal
***Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative, F-78350 Jouy-en-Josas, France
David Gourichon
†††Institut National de la Recherche Agronomique, Pôle d’Expérimentation Avicole de Tours, F-37380 Nouzilly, France
Frédérique Pitel
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
Sandrine Lagarrigue
*Agrocampus Ouest, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
†Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
Data supplements
Supporting Information for Roux et al., 2016
Files in this Data Supplement:
- Table S1 - Detailed results of statistical analyses revealing the effect of genetic and environmental factors on editing level. (.xlsx, 46 KB)
- Table S2 - Description of primers used to validate candidate edited sites and to assess the effect of genetic and environmental factors on editing level. (.xlsx, 10 KB)
PUBLICATION INFORMATION
ARTICLE CLASSIFICATION
The Extent of mRNA Editing Is Limited in Chicken Liver and Adipose, but Impacted by Tissular Context, Genotype, Age, and Feeding as Exemplified with a Conserved Edited Site in COG3
View ORCID ProfilePierre-François Roux, Laure Frésard, Morgane Boutin, View ORCID ProfileSophie Leroux, Christophe Klopp, Anis Djari, Diane Esquerré, Pascal GP Martin, Tatiana Zerjal, David Gourichon, Frédérique Pitel and Sandrine Lagarrigue
G3: Genes, Genomes, Genetics February 1, 2016 vol. 6 no. 2 321-335; https://doi.org/10.1534/g3.115.022251
Open Access
Pierre-François Roux
*Agrocampus Ouest, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
†Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
Laure Frésard
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
Morgane Boutin
*Agrocampus Ouest, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
†Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
Sophie Leroux
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
Christophe Klopp
††Institut National de la Recherche Agronomique, Sigenae Unité de Recherche 875 Biométrie et Intelligence Artificielle, F-31326 Castanet-Tolosan, France
Anis Djari
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
††Institut National de la Recherche Agronomique, Sigenae Unité de Recherche 875 Biométrie et Intelligence Artificielle, F-31326 Castanet-Tolosan, France
Diane Esquerré
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
‡‡Institut National de la Recherche Agronomique, GeT-PlaGe Genotoul, F-31326 Castanet-Tolosan, France
Pascal GP Martin
§§Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1331 Research Center in Food Toxicology, F-31027 Toulouse, France
Tatiana Zerjal
***Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative, F-78350 Jouy-en-Josas, France
David Gourichon
†††Institut National de la Recherche Agronomique, Pôle d’Expérimentation Avicole de Tours, F-37380 Nouzilly, France
Frédérique Pitel
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
Sandrine Lagarrigue
*Agrocampus Ouest, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
†Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
The Extent of mRNA Editing Is Limited in Chicken Liver and Adipose, but Impacted by Tissular Context, Genotype, Age, and Feeding as Exemplified with a Conserved Edited Site in COG3
View ORCID ProfilePierre-François Roux, Laure Frésard, Morgane Boutin, View ORCID ProfileSophie Leroux, Christophe Klopp, Anis Djari, Diane Esquerré, Pascal GP Martin, Tatiana Zerjal, David Gourichon, Frédérique Pitel and Sandrine Lagarrigue
G3: Genes, Genomes, Genetics February 1, 2016 vol. 6 no. 2 321-335; https://doi.org/10.1534/g3.115.022251
Open Access
Pierre-François Roux
*Agrocampus Ouest, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
†Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
Laure Frésard
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
Morgane Boutin
*Agrocampus Ouest, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
†Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
Sophie Leroux
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
Christophe Klopp
††Institut National de la Recherche Agronomique, Sigenae Unité de Recherche 875 Biométrie et Intelligence Artificielle, F-31326 Castanet-Tolosan, France
Anis Djari
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
††Institut National de la Recherche Agronomique, Sigenae Unité de Recherche 875 Biométrie et Intelligence Artificielle, F-31326 Castanet-Tolosan, France
Diane Esquerré
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
‡‡Institut National de la Recherche Agronomique, GeT-PlaGe Genotoul, F-31326 Castanet-Tolosan, France
Pascal GP Martin
§§Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1331 Research Center in Food Toxicology, F-31027 Toulouse, France
Tatiana Zerjal
***Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1313 Génétique Animale et Biologie Intégrative, F-78350 Jouy-en-Josas, France
David Gourichon
†††Institut National de la Recherche Agronomique, Pôle d’Expérimentation Avicole de Tours, F-37380 Nouzilly, France
Frédérique Pitel
‡Unité Mixte de Recherche Institut National de la Recherche Agronomique, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
§École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
**École Nationale Vétérinaire de Toulouse, Génétique, Physiologie et Systèmes d’élevage, Institut National de la Recherche Agronomique, F-31326 Castanet Tolosan, France
Sandrine Lagarrigue
*Agrocampus Ouest, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
†Institut National de la Recherche Agronomique, Unité Mixte de Recherche 1348 Physiologie, Environnement et Génétique pour l’Animal et les Systèmes d’Élevage, F-35000 Rennes, France
